갑자기 출현한 인류의 적 「네우로이」에 대항하기 위해 세계 각국이 연합군을 만든다 그러나, 그들에게 대항할 수 있는 것은 특수한 마력을 가진, 소녀들 뿐 마침내 연합군의 베를린 탈환 작전이 시작되고 재결성된 제501통합전투항공단 「스트라이크 위치스」 새로운 501멤버로 '핫토리 시즈카'가 합류하면서 「네우로이」와의 사투를 벌이는데......