공식 조직 NIN 소속 하급 닌자 ‘쿠로’. 어느 날 그에게 내려진 임무는 코단 고등학교에 잠입한 ‘언더 닌자(UN)’를 찾아 아무도 모르게 저지하는 것. 평범한 고등학생으로 위장한 쿠로는 ‘UN’의 위협과 중간고사, 그리고 친구들과의 일상 사이에서 아슬아슬한 이중생활을 시작한다. 과연 그는 정체를 들키지 않고 학교와 세계, 두 가지 모두를 지켜낼 수 있을...