부모를 잃은 4마리의 거북이들과 늙은 쥐 한 마리가 하수구로 흘러들어온 방사능 물질로 인해 사람의 형태와 지능을 갖게된다. 순진하고 재치있는 레오나르도, 미켈란젤로, 도나텔로, 라파엘로로 구성된 4마리의 거북이들은 하수구에 숨어 살며 뉴욕시의 평화를 위해 고군분투한다. 한편 뉴욕에서 벌어지는 소리 없는 범죄를 보도하는 기자 에이프릴은 이 범죄의 피해자가 될...