밝고 착한 15살 소녀 ‘마도카’는 미래의 꿈을 고민하는 평범한 소녀. 어느 날, 차가운 눈빛의 신비한 전학생 ‘호무라’를 만난다. 그녀는 ‘소중한 것들을 지키고 싶다면 변치 말고 그대로 있으라’며 ‘마도카’를 협박하는데. 같은 날, ‘큐베’라는 정체불명의 생명체가 나타나 마녀로부터 사람들을 구하는 마법소녀가 될 것을 권유한다. 다만 소녀의 영혼과 어떤 기...