태양계 멸망 이후 천년, 인류는 시도니아라는 인공 방주를 타고 우주를 떠돈다. 하지만 시도니아를 노리는 우주 생명체 '가우나'에게 매일 생존의 위협을 받고 있다. 어느날 지하 세계에서 할아버지와 살고 있던 타니카제 나카테가 쌀을 훔치지 위해 지상으로 나온다. 붙잡혀 취조를 받게 된 그에게 신변 보호를 자처하는 사람이 나타나게 되고, 그는 모리토 조종사가 된...